🚀 @SBERLOGA online seminar on bioinformatics:
👨‍🔬 Котлов Никита (BostonGene) “Подтипы микроокружения DLBCL”
⌚️ Пятница 3 декабря, 18.00 по Москве

Мы обсудим происхождение и развитие Б-клеток и лимфомы, которые из них происходят. Затронем строение нормального лимфоузла и функции разных видов нормальных клеток в нем. Научимся оценивать количество этих клеток и выраженность тех или иных функций на основе данных экспрессии генов. И в итоге углубимся в подтипы Диффузной Крупноклеточной Лимфомы (DLBCL), обсудим их клиническую значимость.
Разбор статьи https://cancerdiscovery.aacrjournals.org/content/11/6/1468

Вакансии в BostonGene: https://t.me/sberlogajobs/158

Ссылка на зум будет доступна в чате: https://t.me/sberlogabio ближе к началу доклада.

Воскресный трёп.
Машинное обучение и онкология.

What is about ? О стандартном примере анализа данных балк РНК секвенирования на примере рака груди (breast cancer , METABRIC датасет), и некоторые байки о пока еще не вполне сбывшихся надеждах. А еще, знаете ли вы что такое "ген/мутация Анджелины Джоли" ?

Предисловие. Данный пост, тесно связан с прошедшим докладом Никиты Котлова (где обсуждался другой тип рака - лимфомы - но задачи такие же). А также, с недавними постами Софии Меньшиковой на ее канале @OncologyFellow. У Софии и ее соавтора Алексея - лучшие каналы по онкологии - @OncologyFellow и @medonco - подписывайтесь !

Что хотим ? Все знают, что типов рака очень много, но хуже того у каждого типа рака, еще много подтипов, и лечение/прогноз часто сильно зависит от подтипа рака. Поэтому ученые пытаются выделить эти подтипы и понять, как с каждым из них лучше бороться. Доклад Никиты был посвящен этой проблеме для лимфомы, а данный пост о раки груди. Яркий пример - трастузумаб (моноклональное антитело) успешно применяется к одному из подтипов рака груди, и понятен механизм - у этого подтипа на поверхности раковых клеток торчат белки рецепторы продуцированные геном HER2 и трастузумаб прицельно бьёт по ним. Но, к сожалению, не у всех подтипов есть такие белки на поверхности - у подтипа "трипл-негатив", например, нет.

Как делали раньше/сейчас и как хотят определять подтипы в будущем ? Мини операция - вырезают кусочек опухоли, и относительно дешевыми и простыми методами смотрят подтип. С точки зрения дата-сайнс, тут поинт в том, что у нас есть очень мало (2-3) признака ("фичи") и по ним всё определяюeтся. Можно ожидать, что если бы было больше "фичей" (признаков), то мы получили бы больше информации. Примерно 15 лет назад технологии позволили это делать - научились относительно недорого измерять ТЫСЯЧИ/ДЕСЯТКИ ТЫСЯЧ признаков - экспрессий генов - показателей насколько активно гены работают в данных клетках. (Настоящих "пацанских" (белок кодирующих) генов у человека порядка 20 000, а еще кучи псевдогенов, lncRNA, и тд), каждый ген - фича , генов десятки тысяч - значит десятки тысяч фичей.

В чем облом и надежда ? Оказалось, что фичей стало в тысячи раз больше, а толку стало не сильно больше. Но, все же, технологии развиваются и удешевляются, и многие полны надежд, что удастся спасти жизни людей, если еще поднапрячься в этом направлении.

Что за данные и что на картинке ? Данные - матрица: (пациенты х гены). Скажем порядка 2000 пациентов, и 20 000 генов. Такие датасеты собираются долгими годами. И есть еще один дополнительный столбец - сколько месяцев пациент прожил (после диагноза). Дальше, одна из наших целей по этим (и, вообще говоря, другим тоже) данным понять можем ли мы предсказать сколько пациент проживет, по возможности понять реакцию на лечение (тут нужно больше данных) и так далее.
Достаточно давно была предложена классификация ПАМ50 - то есть выделены примерно 50 генов и по ним данные разбиты на несколько кластеров. Рисунок справа показывает графики кривых выживаемости для каждого из кластеров - чем выше график тем лучше прогноз - и мы видим, что есть два кластера - ЛюминалА и кластер клауден-лоу, где выживаемость получше. Подтип клаудиан-лоу, кстати, относительно новый - дополнение к старому ПАМ50, и видно, что выделен по делу - раньше он был частью трипл негатива, а видно что выживаемость другая. Картинка слева - взят датасет, сделан ПСА, покрашен по кластерам - ну как обычно. То есть каждая точка - соответствует одному семплу, в данному случае человеку. А что за граф там нарисован - а это наша работа, потом как-нибудь расскажу. Код можно тут взять: КАГГЛ.

А что там про Анджелину Джоли ? Известная история, но я устал писать, так, что читайте у Софии.

НЕСТАНДАРТНЫЙ ДЕНЬ - СРЕДА !
🚀 @SBERLOGA online seminar on bioinformatics:
👨‍🔬 Кондратова Мария (Lille University) "Иммунный ответ в раке. Как это работает и не работает. Обзорная лекция.”
⌚️ Среда 8 декабря, 18.00 по Москве

Абстракт будет позднее.

О докладчике: Мария Кондратова - PhD - молекулярный биолог, автор многочисленных статей (в том числе, в Nature Communications), а также популярной книги - "Рак - кривое зеркало жизни" - первой научно-популярной книги о молекулярных механизмах рака на русском языке.

Подписывайтесь на каналы тг: @sberloga, Ютуб: SBERLOGA - топовые онлайн доклады каждую неделю! @sberlogajobs - вакансии.

Ссылка на зум будет доступна в чате: https://t.me/sberlogabio ближе к началу доклада.

💣 Анастасия Данилова завела канал в телеграме и прямо сейчас делится самыми свежими новостями из Сан-Антонио.
https://t.me/cancer_care_weekly

PS: если вы не знаете Анастасию, то просто поверьте, что ради возможности работать в одной команде, я был готов оставить Минск и перебраться в Москву.

Подборка полезных ресурсов некоммерческих проектов и общественных движений с информацией о диагностике и лечении рака на русском языке
👉 https://te-st.ru/2022/02/03/all-about-cancer/

В сложные времена многие пытаются сохранить капитал или закупиться продуктами впрок. Но лучшее, что мы все можем сейчас сделать, – это позаботиться о себе и своем здоровье. Фонд медицинских решений «Не напрасно» создал онлайн-тест «Скрин», который дает персональные рекомендации по профилактике и ранней диагностике рака и может кардинально изменить чью-то жизнь.

Тест позволяет определить существующие у человека показания к скринингу и раннему выявлению 6-ти видов рака – рака легкого, молочной железы, кишечника, простаты, шейки матки и кожи;

Над тестом работали онкологи, эпидемиологи, генетики, диетологи и врачи других специализаций;

Эффективность рекомендаций, предоставляемых по итогам теста, подтверждена исследованиями во всем мире;

Первую и вторую версии теста прошли более 409 000 человек;

Осенью 2021 года была запущена третья версия теста «Скрин»– медицинские алгоритмы теста были обновлены в соответствии с актуальными на 2021 год исследованиями и рекомендациями;

Экспертный состав теста проанализировал российские и международные программы скрининга, протоколы, исследования и рекомендации 9-ти ведущих международных медицинских организаций (включая Национальную комплексную онкологическую сеть, Российское общество клинической онкологии, Международное агентство по изучению рака и др.);

Экспертами проекта были изучены более 70-ти публикаций в авторитетных международных научных медиа;

Все обследования, рекомендуемые в рамках теста, доступны для выполнения в России;

Алгоритм теста «Скрин» и рекомендации получили положительную оценку федерального центра ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России – одного из ведущих российских медицинских учреждений в сфере лечения онкологических заболеваний;

«Скрин» – один из четырех сервисов бесплатного портала «Все не напрасно». Регистрируясь или авторизуясь на сайте теста «Скрин», вы получаете доступ в личный кабинет на портале «Все не напрасно» и ко всем его сервисам.

Пройти тест «Скрин» можно из любой точки мира совершенно бесплатно: https://clck.ru/dYyq4.

Спрашивают “на что заменить лекарство, если моего в аптеках нет”. Много об этом писал, напомню вкратце и нечеловечески упрощая. Берем таблетку. В ней есть действующее вещество, которое собственно и оказывает фармакологический эффект, и вспомогательные вещества (условно, пресловутый мел). Действующее вещество, например метформин, изначально разрабатывается некоей фирмой и выводится ею на рынок под неким торговым названием, например “Глюкофаж” (оригинальный препарат или бренд), после чего лет 10 фирма стоит одна в белом пальто красивая и собирает деньги. Тем временем временем вокруг, в отдалении, стоят фирмы в пальто попроще и ждут окончания патентной защиты, чтобы запустить копии этого препарата (дженерики). Чтобы это сделать, нужно сначала доказать регулятору, что в новой таблетке находится столько же такого же действующего вещества, сколько и в оригинальной. При этом вспомогательные вещества могут быть другими, так же как и физические особенности прессования таблетки и т.д.
Дальше нужно доказать, что после приема таблетки дженерика, назовем его “Глюкоформин”, концентрация и длительность пребывания действующего вещества (метформин) в крови будет такой же, как и у бренда (“Глюкофаж”) - биоэквивалентность. Дальше мы исходим из того, что если эти условия соблюдены, то от дженерика можно ожидать той же эффективности и безопасности, что и от бренда, для которого перед первоначальной регистрацией 10 лет назад проводились дорогостоящие масштабные клинические испытания. Таким образом, производитель дженерика въезжает “на чужом горбу в рай”, экономя огромные деньги, а отсюда и более низкая цена, что хорошо для потребителя.
Но! Дьявол кроется известно где. Чтобы реально ставить знак равенства между дженериком и брендом, надо доверять и регулятору (что он за взятки или по политическим мотивам не пропустил паршивый препарат), и компании, выполнявшей исследования по биоэквивалентности дженерика и бренда (что она не подтасовала цифры в угоду заказчику). В мировой практике встречаются оба варианта, но в развитых странах крайне редко, поскольку есть понятные и рабочие механизмы контроля. Если мы исходим из презумпции доверия, то остаются еще вопросы. Например, при оценке биоэквивалентности фирмы часто стараются сэкономить, и могут включить слишком мало пациентов или они будут слишком здоровыми, и в итоге картинка не будет отражать клиническую реальность. Условно, если лекарство принимается в основном пожилыми, а оттестируют его на более молодых, то всасывание на бумаге может оказаться завышенным. Опять важен контроль, не зря инспекционные визиты западных регуляторов часто проходят в обстановке глубокой секретности и внезапности.
Кроме того, в силу слишком сложных для объяснения здесь физико-химических причин, для некоторых действующих веществ дженерики даже при соблюдении требований биоэквивалентности могут значимо отличаться от брендов по эффективности и/или безопасности. Именно поэтому, например, в Норвегии при общем правиле заменять дорогие бренды дешевыми дженериками для экономии, противоэпилептические препараты заменять нельзя: какое торговое название выписано, такое в аптеке и выдать. Причем в обратном направлении тоже нельзя: если так случилось, что пациент изначально пошел на дженерике, не рекомендуется заменять даже на бренд.
Что же делать в нынешней ситуации в России? Я бы не стал автоматически во всех случаях бояться дженериков, всё же лучше хоть какое-то лечение, чем никакого. Если у вас хроническое заболевание и вы знаете и врача, и лекарство, и особенности своей болезни, то нужно обязательно заранее посоветоваться с врачом о возможных заменах: грамотные врачи обычно замечают, если какой-то дженерик сразу у нескольких пациентов “работает” хуже бренда или других дженериков.
Закончу ссылкой на опубликованное вчера Постнаукой видео, записанное еще летом прошлого года, мы старались.

НИИ Блохина и НООП проводят исследование для пациентов с раком легкого в рамках которого бесплатно делается молекулярно генетическое тестирование в т.ч. тесты FOUNDATION MEDICINE /FMI (комплексное геномное профилирование).
Отбор пациентов идёт по критериям (см. документ ниже) со всей России, из любого ЛПУ, лаборатории.
Количество тестов ограничено, срок программы до октября 2022.
Все подробности и вопросы - через почту кураторов программы - cases@oncopulm.ru.

Чем опасны лекарственные взаимодействия?
Юрий Киселев на ПостНауке

🚀 @SBERLOGABIG online seminar on bioinformatics:
👨‍🔬 Павел Абрамов (НИИ Канцерогенеза) «Развитие рака яичников и подходы к его диагностике»
⌚️ Пятница 10 июня, 19.00 по Москве

В докладе будут представлены современные представления о молекулярно-генетических механизмах развития рака яичников (РЯ), метиляторных фенотипах опухолей и примеры диагностики РЯ на основе анализа метилирования ДНК.

Литература:
Cancer Genome Atlas Research, Network. "Integrated Genomic Analyses of Ovarian Carcinoma." Nature 474, no. 7353 (Jun 29 2011): 609-15. http://dx.doi.org/10.1038/nature10166.

Ciriello, G., M. L. Miller, B. A. Aksoy, Y. Senbabaoglu, N. Schultz, and C. Sander. "Emerging Landscape of Oncogenic Signatures across Human Cancers." Nat Genet 45, no. 10 (Oct 2013): 1127-33. http://dx.doi.org/10.1038/ng.2762.

Kurman, R. J. and M. Shih Ie. "The Dualistic Model of Ovarian Carcinogenesis: Revisited, Revised, and Expanded." Am J Pathol 186, no. 4 (Apr 2016): 733-47. http://dx.doi.org/10.1016/j.ajpath.2015.11.011.

Sanchez-Vega, F., V. Gotea, G. Margolin, and L. Elnitski. "Pan-Cancer Stratification of Solid Human Epithelial Tumors and Cancer Cell Lines Reveals Commonalities and Tissue-Specific Features of the Cpg Island Methylator Phenotype." Epigenetics Chromatin 8 (2015): 14. http://dx.doi.org/10.1186/s13072-015-0007-7.

Ссылка на зум будет доступна на канале: @sberlogabig и группе @sberlogabio перед началом доклада - подписывайтесь!

14 июня — Всемирный день донора.

В онкогематологии крайне важны два направления донорства: и донорство крови, и донорство костного мозга. Если о донорстве крови обывателю известно практически все, то вокруг донорства костного мозга существует огромное количество мифов.

Как трансплантация костного мозга может помочь онкобольному? Пациент может выздороветь после пересадки? Процедура донации костного мозга — это опасно? Специально ко дню донора Фонд борьбы с лейкемией совместно с видеоволонтерами агентства “Брусника” выпустил видеоролик о самых распространенных стереотипах про донорство костного мозга.

Фонд борьбы с лейкемией с 2014 года регулярно помогает взрослым с онкологическими заболеваниями крови по всей России. За 8 лет работы фонд помог более 1200 пациентам и их родственникам. Вы тоже можете помочь: вступайте в регистр доноров, делайте пожертвования и делитесь роликом с друзьями.

​​Прыщи, истерики и стероидные озёра: говорим о кожной токсичности с дерматологом

Привет! Сегодня не просто первый июльский понедельник, но и важный день для нашего лампового молодого подкаста - ведь мы готовы представить вам первый выпуск «Вам не ко мне» - о прыщах, истериках и стероидных озерах.

Гость нашего первого выпуска - Ангелина Желонкина, врач-дерматолог, аспирантка СПбГУ и врач городского кожно-венерологического диспансера в Петербурге, которая также ведет прием в Lahta Clinic и является автором блога dr. Pimple.

Дерматологическая токсичность - одна из наиболее частых проблем лечения онкологических заболеваний. Онколог, который пытается справиться с кожной патологией, попадает в запутанный мир кремов, стероидов и высыпаний, а дерматолог, если вдруг решит ему помочь, рискует утонуть в пуполимабах, молекулярных ингибиторах и многоступенчатых гайдлайнов. В этом выпуске мы вместе с врачом-дерматологом разбираемся в кожной токсичности и учимся налаживать комфортную и эффективную коммуникацию.

Что ждет вас внутри:
✔️ Почему проблемы с кожей могут стать для пациента большим шоком, чем сам факт онкологического заболевания?
✔️ Как говорить с пациентом, столкнувшимся с кожной токсичностью?
✔️ В чем заключаются две главных проблемы дерматологии и почему нельзя купаться в гидрокортизоновых реках?
✔️ Что общего между эмолентами и стройматериалами?
✔️ Как объяснить пациенту важность грамотной профилактики и помочь вовремя заметить проявления кожной токсичности?

Слушайте первый выпуск подкаста «Вам не ко мне» на любой удобной подкаст-платформе:
☑️ Apple Podcasts
☑️ Яндекс.Музыка
☑️ ВКонтакте
☑️ Google Podcasts
☑️ …и другие подкаст-платформы

Мы будем очень рады вашим реакциям, комментариям и отзывам! Приятного прослушивания;)

Несмотря на потенциальные преимущества, использование иммунотерапии связано со специфическими побочными эффектами, из-за избыточной активации собственного иммунитета и развитии аутоиммунных реакций.
В исследовании - опубликованном в Journal of the National Cancer Institute - сравнили влияние иммунотерапии на риск смертности у почти 17497 пациентов с ранее существовавшим аутоиммунным заболеванием и без оного.

✅ Результаты: наличие аутоиммунных заболеваний в анамнезе не приводит к более высокому риску смертности (HR = 1.03; 95% CI = 1-1.07; P = 0,05).
Помимо этого, аутоиммунный тиреоидит (HR = 0,75, 95% CI = 0,62–0,90; P = 0,002) и витилиго (HR = 0,52, 95% CI = 0,34–0,81; P = 0,003) статистически значимо ассоциировались со снижением смертности.

💭 Выводы: аутоиммунные заболевания у онкологических пациентов необязательно должны быть противопоказанием к применению иммунотерапии и включению в клинические исследования.

На сегодняшний день периоперационная терапия и хирургия являются стандартом лечения операбельного рака желудка.

В исследовании II фазы (29 пациентов) NEONIPIGA оценивалась периоперационная иммунотерапия при раке желудка и ГЭП.

Критерии включения: аденокарцинома желудка или гастроэзофагеального перехода, сT2-4NxM0, dMMR/MSI-H

Дизайн:
💊 неоадъювант (ниволумаб 240 мг q2w ×6 и ипилимумаб 1 мг/кг q6w ×2)
✂️ хирургическое лечение
💊 адъювант (ниволумаб 480 мг q4w x9).

🎯 Первичная конечная точка: pCR - 59% 🔥

⭕️ НЯ 3/4 степени во время неоадъюванта - 19%

✅ Выводы: неоадъювантная иммунотерапия может быть опцией лечения у отобранной группы пациентов

💭 Вопросы в будущее: возможна ли опция watch&wait для рака желудка/ГЭП? Насколько велика роль адъювантной ИТ после достижения pCR? Оставьте свое мнение в комментариях.

🦀 OF-tread:
Частота dMMR/MSI-H при раке желудка - 10%
Вероятность pCR в случае dMMR/MSI-H рака желудка:
- при терапии фторпиримидинами и платиной 3-11%;
- при добавлении доцетаксела (FLOT) - 38%.

20.08 в 12:00 не упустите возможность упорядочить знания о стандартах лечения опухолей верхних отделов ЖКТ и гепатобилиарной системы в рамках подготовки к экзамену ESMO.

Лекторы:
Катерина Гречухина
Полина Сергеева Феоктистова

Сессию модерирует Михаил Юрьевич Федянин

https://www.rosoncoweb.ru/events/2022/08/20-1/

🦓 Нейроэндокринные опухоли.

🧐 Сложно найти
среднее время до диагностики с момента появления первых симптомов - 5 лет
☹️ Легко потерять
продолжительность жизни по метастатическом нейроэндокринном раке - около 1 года
🤔 Невозможно забыть
интересно как долго продлится байес в пользу зебры при стуке копыт, вместо ранее ожидаемой лошади, после столкновения с NET/NEC?

📔 Памятки для пациентов с нейроэндокринными опухолями можно скачать по ссылке 👇
https://incalliance.org/net-info-packs/