Kompyuterda modellashtirish haqida.
Hisoblash tadqiqotlari g'oyalar/nazariyalar va haqiqiy tajriba o'rtasidagi ko'prikdir. Hisoblash va ma'lumotlarga asoslangan fan, tadqiqotning uchinchi ustuni sifatida nazariya va eksperiment bilan bir qatorda ta'limning barcha sohalarini, ilmiy izlanishlarni, ishlab chiqarish amaliyotini, shuningdek, mahalliy va jahon iqtisodiyotini tubdan o'zgartirish uchun potensialga ega.
Kompyuter modellari sistemaning tabiatini o'ziga xos turli xil kombinatsion matematik modellarga asoslangan yaqinlashuvlar yordamida tasvirlab beradi. O'tgan asrda kompyuterda modellashtirishning roli zamonaviy fanning deyarli barcha sohalarida rivojlanishning ajralmas qismiga aylandi. Kompyuter simulyatsiyalari fizika, astrofizika, klimatologiya, kimyo, biologiya, iqtisodiyot, ijtimoiy fanlar va muhandislik sohasidagi sistemalar matematik modellashtirish uchun kuchli vositaga aylandi. U yangi texnologiyalarni o'rganish va yangi tushunchalar olish, shuningdek, analitik yechimlar uchun juda murakkab tizimlarning ish faoliyatini baholash uchun ishlatiladi.
Simulyatsiyadan sistemalar va ularning tabiatini, ya'ni zamonaviy texnologiyalar yordamida erishib bo'lmaydigan nanoo’lchamdagi aniqlik bilan tushunish uchun foydalanish mumkin. Agar bizda ba'zi sistemalarning eksperimental kuzatish asosida qanday harakat qilishini aytib beradigan ma'lumotlar mavjud bo'lsa, biz ushbu hodisalar qanday sodir bo'lganligi haqidagi savollarga javob berish uchun kompyuter simulyatsiyasidan foydalanishimiz mumkin. Bu esa o’z navbatida sistemalarni optimal boshqarish imkonini beradi.
Hisoblash tadqiqotlari g'oyalar/nazariyalar va haqiqiy tajriba o'rtasidagi ko'prikdir. Hisoblash va ma'lumotlarga asoslangan fan, tadqiqotning uchinchi ustuni sifatida nazariya va eksperiment bilan bir qatorda ta'limning barcha sohalarini, ilmiy izlanishlarni, ishlab chiqarish amaliyotini, shuningdek, mahalliy va jahon iqtisodiyotini tubdan o'zgartirish uchun potensialga ega.
Kompyuter modellari sistemaning tabiatini o'ziga xos turli xil kombinatsion matematik modellarga asoslangan yaqinlashuvlar yordamida tasvirlab beradi. O'tgan asrda kompyuterda modellashtirishning roli zamonaviy fanning deyarli barcha sohalarida rivojlanishning ajralmas qismiga aylandi. Kompyuter simulyatsiyalari fizika, astrofizika, klimatologiya, kimyo, biologiya, iqtisodiyot, ijtimoiy fanlar va muhandislik sohasidagi sistemalar matematik modellashtirish uchun kuchli vositaga aylandi. U yangi texnologiyalarni o'rganish va yangi tushunchalar olish, shuningdek, analitik yechimlar uchun juda murakkab tizimlarning ish faoliyatini baholash uchun ishlatiladi.
Simulyatsiyadan sistemalar va ularning tabiatini, ya'ni zamonaviy texnologiyalar yordamida erishib bo'lmaydigan nanoo’lchamdagi aniqlik bilan tushunish uchun foydalanish mumkin. Agar bizda ba'zi sistemalarning eksperimental kuzatish asosida qanday harakat qilishini aytib beradigan ma'lumotlar mavjud bo'lsa, biz ushbu hodisalar qanday sodir bo'lganligi haqidagi savollarga javob berish uchun kompyuter simulyatsiyasidan foydalanishimiz mumkin. Bu esa o’z navbatida sistemalarni optimal boshqarish imkonini beradi.
Kursni o’qitish uchun mavzular:
1. Kompyuterda modellari va modellashtirishni fandagi va hayotimizdagi o’rni / Computer models and their application in science as well as in our lives
2. Ilmiy modellashtirish uchun Linux (ubuntu) operatsion sistemasi / Scientific modeling in Linux (Ubuntu) operating system
3. Linuxda vim/gedit/kate muharrirlari bilan ishlash. Sed va awk komandalaridan faylni tahrirlashda foydalanish / Training with vim/gedit/kate file editors. Application of sed and awk commands in editing of files
4. Vizuallashtirish dasturlari (Pymol; VMD) / Visualizing Software (Pymol; VMD)
5. Molekulyar dinamika haqida ma’lumotlar / MD basics
6. Potensital energiya funksiyalari / Potential energy functions
7. Barcha atom, birlashgan atom va yirik-dona atomlarni o’zaro ta’sirlashuv potensiallari parametrlari / All-atom, united atom and coarse grained force field parameters
8. Integratsion algoritmlar; Temperaturani boshqarish; Chegaraviy shartlar / Integration algorithms; Temperature control; Boundary conditions
9. MD uchun GROMACS programmasi / GROMACS program package in MD simulations
10. Sistemani ishga tushirish va turg’in holatga keltirish / Initialization and Equilibrium
11. Sistemalarni turli xil paramertlarini hisoblash / Calculation of various parameters of the system.
12. Erkin energiyani hisoblash (metan molekulasi misolida) / Free Energy of Solvation (e.g., methane)
13. Ikki fazali sistemalar (siklogeksan va suv)/ Biphasic systems (cyclohexane and water)
14. Phospholipid membranalar / Phospholipid membranes
15. Lyzoferment suvda (oqsilni suvda ionlar bilan modellashtirish) /Lysozyme in water
16. Oqsillarni kichik molekulalar yordamida bog’lanish mumkin bo’lgan tomonlarini aniqlash (FTSite server yordamida) / Predicting potential biding hot spots of proteins (by means of FTSite server)
17. Membranada joylashgan turli xil finksiyali oqsillar / Transmembrane proteins
18. KALP15 oqsili DPPC membranada / KALP15 in DPPC membrane
19. Umbrella namunalash yordamida bog’lanish erkin energiyasini baholash / Estimation of binding free energy using umbrella sampling
20. Turli xil sistemalarni global minimum energiyali holatini aniqlash uchun replika almashunuv molekulyar dinamikasi / Defining the global energy minimum applying the replica exchange molecular dynamics
21. Saratonni davolash uchun sovuq plazma: xujayra membranasidan reaktivi kislorod va azot zarralari (RKAZ) qanday o’tadi? Kompyuter modellariga asoslangan javoblar / Cold plasma for cancer treatment: How can RONS penetrate through the cell membrane? Answers from computer modeling.
22. Saratonni davolashda immunoterapiya: saraton hujayralarini ochib berishda RKAZning ta'siri / Immunotherapy in cancer treatment: the effect of RONS in unmasking cancer cells
23. Zamonaviy muammolar va ularning yechimi / Modern problems and their solutions
1. Kompyuterda modellari va modellashtirishni fandagi va hayotimizdagi o’rni / Computer models and their application in science as well as in our lives
2. Ilmiy modellashtirish uchun Linux (ubuntu) operatsion sistemasi / Scientific modeling in Linux (Ubuntu) operating system
3. Linuxda vim/gedit/kate muharrirlari bilan ishlash. Sed va awk komandalaridan faylni tahrirlashda foydalanish / Training with vim/gedit/kate file editors. Application of sed and awk commands in editing of files
4. Vizuallashtirish dasturlari (Pymol; VMD) / Visualizing Software (Pymol; VMD)
5. Molekulyar dinamika haqida ma’lumotlar / MD basics
6. Potensital energiya funksiyalari / Potential energy functions
7. Barcha atom, birlashgan atom va yirik-dona atomlarni o’zaro ta’sirlashuv potensiallari parametrlari / All-atom, united atom and coarse grained force field parameters
8. Integratsion algoritmlar; Temperaturani boshqarish; Chegaraviy shartlar / Integration algorithms; Temperature control; Boundary conditions
9. MD uchun GROMACS programmasi / GROMACS program package in MD simulations
10. Sistemani ishga tushirish va turg’in holatga keltirish / Initialization and Equilibrium
11. Sistemalarni turli xil paramertlarini hisoblash / Calculation of various parameters of the system.
12. Erkin energiyani hisoblash (metan molekulasi misolida) / Free Energy of Solvation (e.g., methane)
13. Ikki fazali sistemalar (siklogeksan va suv)/ Biphasic systems (cyclohexane and water)
14. Phospholipid membranalar / Phospholipid membranes
15. Lyzoferment suvda (oqsilni suvda ionlar bilan modellashtirish) /Lysozyme in water
16. Oqsillarni kichik molekulalar yordamida bog’lanish mumkin bo’lgan tomonlarini aniqlash (FTSite server yordamida) / Predicting potential biding hot spots of proteins (by means of FTSite server)
17. Membranada joylashgan turli xil finksiyali oqsillar / Transmembrane proteins
18. KALP15 oqsili DPPC membranada / KALP15 in DPPC membrane
19. Umbrella namunalash yordamida bog’lanish erkin energiyasini baholash / Estimation of binding free energy using umbrella sampling
20. Turli xil sistemalarni global minimum energiyali holatini aniqlash uchun replika almashunuv molekulyar dinamikasi / Defining the global energy minimum applying the replica exchange molecular dynamics
21. Saratonni davolash uchun sovuq plazma: xujayra membranasidan reaktivi kislorod va azot zarralari (RKAZ) qanday o’tadi? Kompyuter modellariga asoslangan javoblar / Cold plasma for cancer treatment: How can RONS penetrate through the cell membrane? Answers from computer modeling.
22. Saratonni davolashda immunoterapiya: saraton hujayralarini ochib berishda RKAZning ta'siri / Immunotherapy in cancer treatment: the effect of RONS in unmasking cancer cells
23. Zamonaviy muammolar va ularning yechimi / Modern problems and their solutions
CV_Jamoliddin_Razzokov.pdf
521.8 KB
Hurmatli kanal ishtirokchilari ushbu xujjatda kanal admini haqida to'liq ma'lumot keltirilgan. Taklif, savol va hamkorlik uchun Gmail pochtaga xat yozishingiz mumkin.