Один из советов, который мы слышали, — это помещать файл logic.py (я бы его назвал service - прим. Михаила) в каждое приложение Django с самого первого дня. Это дает вам место для размещения бизнес-логики и позволяет держать формы, представления и модели свободными от бизнес-логики. Это может стать ступенькой для перехода к полностью разъединенной модели домена и/или сервисному слою в дальнейшем.

Слой бизнес-логики может изначально работать с объектами модели Django (я бы так не делал и сразу отделял, потом нет времени, уже сложно и т.д. - прим. Михаила) и только позже полностью отделиться от фреймворка и работать с простыми структурами данных Python.

Что касается чтения, вы можете воспользоваться некоторыми преимуществами CQRS, поместив операции чтения в одно место, избежав разбросанных по всему пространству вызовов ORM.

При разделении модулей для чтения и модулей для доменной логики, возможно, стоит отделить себя от иерархии приложений Django. Бизнес-задачи будут пересекать их.