📱Tifffile.

Tifffile — это библиотека для работы с изображениями TIFF в Python.

🔹Библиотека tifffile позволяет:

🔘Читать и записывать изображения и метаданные в форматах TIFF, BigTIFF, OME-TIFF, ImageJ, GeoTIFF, Adobe DNG, SVS, NDPI, QPTIFF, SCN и многих других, включая специализированные форматы из области биоизображений.

🔘Поддержка массивов NumPy и Zarr, включая чтение по страницам, уровням пирамид и SubIFDs.

🔘Запись изображений в многослойном, объемном, сжатом, предсказанном, тильтованном виде.

🔘Поддержка множества алгоритмов сжатия: LZW, Deflate, JPEG (8/12-бит), JPEG 2000, JPEG XL, WebP, PNG, LZMA, Zstd и других через библиотеку imagecodecs.

🔘Консольный интерфейс: можно просматривать структуру TIFF-файлов прямо из терминала.

#Python #TIFF #ImageProcessing #NumPy #Zarr #BioImage #OME #BigTIFF #Tifffile #OpenSource #ScientificPython #Microscopy #JPEG #ImageCodecs #Visualization #DataScience #ImageIO

📱Ссылка на репозиторий:
https://github.com/cgohlke/tifffile

⬇️Реакция — лучший «аргумент» для новых постов!⬇️

📱Ome-zarr-py.

Ome-zarr-py - это официальный Python-инструмент для работы с многомасштабными (multi-resolution) наборами изображений в формате Zarr, соответствующими открытой спецификации OME-NGFF (Open Microscopy Environment Next Generation File Format).

Библиотека разработана сообществом OME и предназначена для эффективного считывания, записи и управления многомерными (2D–5D) научными данными и микроскопическими снимками гигантского объема.

🔹Ключевые возможности:

🔘Поддержка стандарта OME-NGFF: Реализация формата хранения биовизуализационных данных нового поколения.

🔘Формат Zarr: Оптимизированное сжатие, разбиение на чанки и параллельный доступ к элементам массивов локально и в облачных хранилищах.

🔘Пирамиды изображений (Мультиразрешение): Позволяет загружать только требуемый уровень детализации и конкретный фрагмент изображения без выгрузки всего файла целиком в память.

🛠Инфраструктура и разработка:

🔘Документация: Публикуется на Read the Docs и собирается локально с помощью Sphinx:

pip install -r docs/requirements.txt
sphinx-build -b html docs/source/ docs/build/html

🔘Тестирование: Локальная проверка кода организована через tox, а перед коммитами используется валидация pre-commit.

🔘Версионирование: Номера версий автоматически управляются через setuptools_scm.

🔘Лицензия: Распространяется под открытой лицензией BSD.

#ome #zarr #Python #Bioinformatics #Microscopy #DataScience #OpenSource #DevTools #Imaging #OME_NGFF

📱Ссылка на репозиторий:
https://github.com/ome/ome-zarr-py