Genomics UA
1.03K subscribers
124 photos
2 files
195 links
Громадська організація "Геноміка ЮА". Ваш дім біоінформатики та омік в Україні.

Чат: https://t.me/BioinformaticsUA
YouTube: https://www.youtube.com/@genomicsUA
Download Telegram
Genomics UA
Плануєте будувати кар'єру біоінформатика в індустрії?🤔 Тоді запрошуємо на лекцію від пані Валентини Зінченко, PhD! Валентина — міждисциплінарна науковиця з досвідом в аналізі біологічних зображень, молекулярній динаміці та мультиоміці. Валентина закінчила…
Обіцяна лекція повертається!

Valentyna will talk about:
🔹Her transition from Biology to Deep Learning.
🔹Her transition from Academia to Big Pharma.
🔹The basics of perturbation screening.
🔹Opportunities and limitations of accelerating perturbation screening with Deep Learning.


🇬🇧 Мова: англійська
📅 Коли: 22 листопада, 17:00 по Києву
🔗 Де: за посиланням в Genomics UA Workspace і трансляція на YouTube.
Заходьте за логіном genomics.org.ua👇

- - -
Нагадуємо, що наша спільнота переїхала на Google Workspace. Ось інструкція як отримати доступ.
- - -
📹 YouTube | 🌐 Вебсайт | ☁️ bsky.social | 🔗 LinkedIn
❤10
Вебсайт нашої організації наразі не працює коректно, натомість переправляє на ресурс, що не належить нашій організації. Ми працюємо над виправленням ситуації і триматимемо вас у курсі. Тим часом просимо не користуватися вебсайтом.

Stay tuned.
❤24🤯6💊2
Оголошення - два в одному 😮

Наші друзі з ГО «Bioinformatics for Ukraine» мають дві захопливі пропозиції, повз які неможливо пройти 🌠

🔹 Хочете тісно співпрацювати з науковцями для посилення біоінформатичної спільноти?
🔹 Або ж потребуєте менторства для побудови власного шляху в науці?

💎 Bio4UA шукає ентузіастів у сферах дизайну, підтримки соціальних мереж та планування освітніх подій. Детальніше тут:
https://forms.gle/CjQS8K4AFsBvcMjW7

🆘 Перший геномний біобанк України потребує вашої допомоги.

🔺 Через постійні відключення електроенергії зразки колекції «T1 diabetes» перебувають під загрозою псування. Тому необхідно якнайшвидше придбати потужну батарею для підтримки роботи холодильників.
🔺 Ця безцінна колекція має величезний потенціал для розвитку біоінформатичної екосистеми в Україні. У вас теж засвербіли руки проаналізувати ці дані?

Навіщо і як допомогти біобанку - детальніше в дописі засновника Тараса Олексика.

- - -
Нагадуємо, що наша спільнота переїхала на Google Workspace. Ось інструкція як отримати доступ.
- - -
📹 YouTube | 🌐 Вебсайт | ☁️ bsky.social | 🔗 LinkedIn
❤11
Мас-спектрометрія + ШІ = ПОТУЖНО

🧠 Ми раді запросити вас на лекцію Романа й Антона. Вони розкажуть про свою роботу, нещодавно опубліковану в Nature Biotechnology і не тільки!

Слово авторам:
У цій доповіді розглядатиметься наша робота над штучним інтелектом для молекулярного дослідження малих молекул та білків. Ми представляємо:
💡DreaMS, який вивчає молекулярні представлення з мас-спектрів для пришвидшення анотації малих молекул природних продуктів;
💡MassSpecGym, стандартизований бенчмарк для дослідження малих молекул;
💡ProteinTTT, який виконує налаштування protein language models для кожної послідовності під час тестування для покращення продуктивності в таких завданнях, як прогнозування структури та функції білка;
💡BoltzGen, модель для проектування білкових зв'язуючих речовин.

📅 Коли: 19 березня, 18:00 за київським часом
🔗 Де: за посиланням у Genomics UA Workspace 👇 і трансляція на YouTube
ℹ️ Заходьте за логіном genomics.org.ua. Ось інструкція як отримати доступ.
❤24
Набір на Ukrainian Biological Data Science Summer School (UBDS^3) 2026 відкрито!

Чого очікувати: школа включатиме курси і наукові проекти з аналізу даних: оміки, структурної біології, еволюційної та популяційної генетики, протистології, обчислювальної нейробіології та інших.
Запрошені викладачі, попередня програма і більше деталей на сайті https://www.bds3.org/

Мова: англійська + українська
Участь: безкоштовно
Де: Ужгород
Коли: 11 по 25 липня 2026
Заявка: до 25 квітня 2026 https://forms.gle/8yTBsDXMABxKEg7M6

- - -
Нагадуємо, що наша спільнота переїхала на Google Workspace. Ось інструкція як отримати доступ.
- - -
📹 YouTube | 🌐 Вебсайт | ☁️ bsky.social | 🔗 LinkedIn
❤20
Привіт, спільното! Як ваші білОчки? 👩‍🔬👨‍🔬

Геноміка ЮА запускає новий онлайн-курс "Вступ до аналізу протеомних даних"

🫀Ви новачок у біоінформатиці чи фахівець, який шукає нові виклики? Ласкаво просимо до нас!

Протеоміка дозволяє проводити масштабні дослідження білків і широко застосовується в біомедичних дослідженнях та розробці лікарських препаратів.

Ви вивчите основи масс-спектрометрії та на практиці застосуєте різні підходи до аналізу протеомних даних. Базові навички роботи з командним рядком, мовою R та англійською мовою стануть у нагоді для успішного проходження курсу!

🗳Ви можете добровільно зробити пожертву в нашу скарбничку, і кошти будуть перераховані до фонду "Повернись живим" від імені спільноти Геноміки по завершенню курсу, як ми вже робили у 2023 році.

✍️Крайдата реєстрації на курс: 19 квітня
🤙Для реєстрації та детальної інформації про курс: https://forms.gle/EVbEy5MZmBuUoCih7
🫶Поповнити банку курсу: https://send.monobank.ua/jar/5rrePd1kWw
❤31
🔥 Оновлення курсу "Вступ до аналізу протеомних даних" від Геноміка ЮА

Хочете не просто “послухати курс”, а отримати реальну цінність для CV? Ми зробили систему сертифікації такою, щоб вона прямо відображала ваш рівень.

Чим більше практики - тим сильніший сертифікат.

📚 База: відвідуваність + тести
🔬 База + робота з метаданими
💻 База + повноцінний аналіз протеомних даних

А тепер головний бонус 👇
💎 Найвищий рівень сертифікату = 3 академічні кредити ЄКТС
Кредити надані Київською Школою Економіки (KSE)


Тобто ви отримуєте не лише знання, а й офіційне підтвердження, яке має вагу у вашому університеті.

✍️Реєстрація відкрита до 19 квітня включно: https://forms.gle/EVbEy5MZmBuUoCih7
🫶Поповнити банку курсу: https://send.monobank.ua/jar/5rrePd1kWw
❤22
🧬 Як забезпечують якість геномних даних у клінічній діагностиці?

Дякуємо ННЦ «Інститут біології та медицини» за запрошення прочитати відкриту лекцію!

Сергій Науменко з команди «Геноміка ЮА» розповідатиме на честь пам’яті Крейга Вентера — одного із засновників повногеномного секвенування людини — про контроль якості даних секвенування в діагностичній лабораторії.

Приєднуйтеся 14 травня о 13:30 (див. деталі).

Та це ще не все! До минулого Міжнародного дня ДНК КНУТД запросили С. Науменка розповісти про геномний скринінг для виявлення метаболічних розладів у новонароджених. Презентацію можна переглянути тут. Дякуємо за нагоду!

Хочете подібні лекції у вашому університеті? 🤙😉

- - -
📹 YouTube | 🔗 LinkedIn
❤17
☢️ Від геномних наслідків Чорнобильської катастрофи до T2T досліджень статевих хромосом Great Apes 🦍

Професорка Катерина Макова є спеціалісткою з еволюції геному, мутагенезу та неканонічних структур ДНК. Використовуючи сучасні обчислювальні методи та передові дані секвенування, її лабораторія досліджує біологію мітохондріальної і Y хромосоми, а також non-B структури ДНК.

К. Макова була запрошеною лекторкою на The Ukrainian School in Evolutionary Biology 2025, і ми раді приймати її в Genomics UA з презентацією нового препринту.

Це дослідження присвячене тому, як Y-хромосома ссавців зберігає гени, пов’язані з фертильністю, попри відсутність рекомбінації та схильність до деградації. Автори показують, як специфічні геномні структури та еволюційні механізми допомагають підтримувати цілісність генів і функціональність ключових білків.


🇬🇧 Мова лекції: англійська
📅 Коли: 27 травня 18:00 EEST
📍 Де: Google Meet / YouTube трансляція
ℹ️ Заходьте за логіном genomics . org . ua. Ось інструкція як отримати доступ.
❤20
Genomics UA
☢️ Від геномних наслідків Чорнобильської катастрофи до T2T досліджень статевих хромосом Great Apes 🦍 Професорка Катерина Макова є спеціалісткою з еволюції геному, мутагенезу та неканонічних структур ДНК. Використовуючи сучасні обчислювальні методи та передові…
Кажуть, що можна вилікувати всі свої соматичні мутації, якщо прийти на лекцію професорки Катерини Макової 👀

Збирайте свої ДНК і смаколики 🍵🍪
Лекція починається за годину☝️
❤11⚡7
Unlock infinite possibilities in research combining proteomics, genetic epidemiology and more 💫

We are pleased to welcome Professor Marc Vaudel for a lecture on his cutting-edge research.

🤱Vaudel’s group integrates omics and phenotype data to study the emergence and progression of pediatric diabetes, as well as how symptoms in early pregnancy can inform later health outcomes for both parents and children.

Interested in learning how? This is what awaits you in the lecture:
Recent advances in biomedical proteomics make it possible to tailor analyses to the genetic makeup of individuals. This approach is for example used in cancer research to track the effect of somatic or structural variation. In this presentation, I will show how our research group extends these approaches to germline common variation, with the aim of better integrating proteomics in genetic epidemiology studies.



🇬🇧 Language of the lecture: English
📅 When: 04 June 17:00 EEST (16:00 CEST)
📍 Where: Google Meet / YouTube Live
❤9
Genomics UA
Unlock infinite possibilities in research combining proteomics, genetic epidemiology and more 💫 We are pleased to welcome Professor Marc Vaudel for a lecture on his cutting-edge research. 🤱Vaudel’s group integrates omics and phenotype data to study the…
📢 До лекції Marc Vaudel залишилася лише пів години!

Три слова:
Protein Haplotype Database (PHD).

Нарешті PhD, яке можна отримати за одну лекцію. 😄

Побачимось там! 🧬🎓
❤12
Hundreds of coordinated efforts drive better science worldwide

Databases, file standards, and best practices for experiments and data analysis form the foundation of modern proteomics.
🤔But how do researchers across institutions and countries reach common consensus?
🌐Individuals and research groups actively contribute to consortia, initiatives, and organizations that serve as hubs for the field's development.

In this lecture, you'll learn about the motivation, structure, and impact of key proteomics organizations in Europe and beyond.
Prof. J. Uszkoreit and V. Vasylieva will present from the perspectives of an experienced researcher and a proteomics beginner to inspire early-career researchers to follow these initiatives and join the field.

🇬🇧 Language of the lecture: English
📅 When: 17 June 17:00 EEST (16:00 CEST)
📍 Where: Google Meet (https://meet.google.com/tif-sqgf-szv) / YouTube Live (https://youtube.com/live/kAJqIWoq8hU?feature=share)
❤12
Запрошуємо на відкритий захист командних курсових проєктів курсу Геноміки ЮА "Вступ до аналізу протеомних даних"

Учасники курсу обрали один з типів проєктів: біоінформатичний аналіз даних (🔸) або анотація метаданих (🔹), а також мову доповіді (українською 🇺🇦 чи англійською 🇬🇧).
Під час зустрічі учасники курсу презентують мету аналізу наборів даних, хід аналізу, знахідки та їх інтерпретації. Наприкінці кожної презентації інструктори та відвідувачі зможуть ставити учасникам запитання.

Теми курсових проєктів, представлених на захист, наступні (у порядку виступу):

🔸Explainable Machine Learning for Cellular Phenotyping in Imaging Mass Cytometry (🇺🇦) [R8]
🔸Re-analysis and computational validation of proteasome-generated spliced peptides in the HLA-I immunopeptidome (based on Liepe et al. 2016) (🇬🇧) [R4]
🔸Proteomic analysis of macrophage polarization (🇺🇦) [R3]
🔸Machine Learning Pipeline for Imaging Mass Cytometry Data Processing and Automated Single-Cell Annotation in Spatial Proteomics (🇬🇧) [R7]
🔸Comparative Proteomics of Human Biofluids: Tears, Cerebrospinal Fluid and Plasma (🇺🇦) [R1]
🔸Comparative proteomics of the frontal cortex in patients with Alzheimer's and Parkinson's (🇺🇦) [R6]
🔸Proteasome-spliced peptides: abundance and MHC interaction analysis (🇬🇧) [R5]
🔸Proteomic analysis of therapy resistance and clinical outcomes in acute myeloid leukemia (🇺🇦) [R2]
🔹Metadata annotation and standardisation of public proteomics datasets (🇺🇦) [M1]

Коли: 20 червня о 19:00 (київський час)
Де: Google Meet / YouTube

🗳Подобаються наші ініціативи? Ми відчуємо вашу підтримку через пожертву в нашу скарбничку, кошти якої будуть перераховані до фонду "Повернись живим" від імені спільноти Геноміки по завершенню курсу.
🫶Поповнити банку курсу: https://send.monobank.ua/jar/5rrePd1kWw

- - -
Нагадуємо, що наша спільнота переїхала на Google Workspace. Ось інструкція як отримати доступ.
- - -
❤23⚡1
Genomics UA
Hundreds of coordinated efforts drive better science worldwide Databases, file standards, and best practices for experiments and data analysis form the foundation of modern proteomics. 🤔But how do researchers across institutions and countries reach common…
Наука - це непросто, але її відчутно легше робити поруч із людьми, які надихають 😌✨

Де знайти таких людей?

Приєднуйтеся до нас за годину, щоб дізнатися більше про спільноти у сфері протеоміки, які рухають галузь уперед і підтримують юних дослідників.
❤10
Відкривається набір на унікальний курс з синтетичної біології від Олексія Строганова!

💊🧫🧬 Синтетична біологія застосовує інженерні принципи для створення або перебудови біологічних систем із новими чи покращеними функціями.

🦄🦠🧪 Маєш крейзі ідею суперорганізму? Тоді тобі знадобиться теорія та практика з молекулярної біології, генетичної й метаболітичної інженерії, які ти зможеш отримати на цьому курсі.

👩‍🎓👨‍🎓Для кого: школярі-випускники та студенти з середнім рівнем знання молекулярної біології; перевага надається кандидатам, що проживають на території України; кількість місць обмежена
👨‍🏫 Програма: інтерактивні онлайн-зустрічі раз на тиждень з можливими завданнями для самостійного опрацювання та кількома офлайн-заняттями
🇺🇦 Мова та сертифікат: мова курсу українська + матеріали англійською;сертифікат за проходження курсу не передбачається
🏁 Початок: 15-16 серпня

Деталі шукай у формі реєстрації: https://forms.gle/iBjAiaijgYV8Cr758
Крайдата подачі: 9 серпня

Відкрий для себе нові можливості!
❤17
Genomics UA
Відкривається набір на унікальний курс з синтетичної біології від Олексія Строганова! 💊🧫🧬 Синтетична біологія застосовує інженерні принципи для створення або перебудови біологічних систем із новими чи покращеними функціями. 🦄🦠🧪 Маєш крейзі ідею суперорганізму?…
Що стало відомо про SynthCore 🧐

Запис на курс продовжено!

Нова крайдата: 16 серпня
Початок: орієнтовно 21-23 серпня
Запис👉 https://forms.gle/wVh4YVAjBZF4fbyu6

Курс включатиме методи клонування ДНК, дизайн плазмід, методи регуляції організмів і генетичні схеми. І, куди ж без цього - програмне забезпечення для кожного з етапів 🔥

Найцікавіше: від самого початку ви зможете оберати індивідуальний проєкт, щоб застосувати нові знання на практиці.

Очікуйте результати відбору на своїй електронній скриньці вже цієї неділі 🤞
❤7