🥪 ESMFold2: «Горький урок» доходит до белков — открытая научная платформа от BioHub

Алекс Ривз, глава науки BioHub, объявил о выходе ESMFold2 — открытого научного движка для предсказания, дизайна и открытий в биологии белков. Новая модель демонстрирует state-of-the-art результаты на задачах взаимодействия белков, особенно антител — критически важной модальности для терапевтики. В основе лежит подход «Bitter Lesson»: vanilla BERT-подобный трансформер, обученный на огромных и разнообразных данных, превосходит специализированные модели вроде AlphaFold3 на сложнейших задачах.

Исследователи отказались от эволюционных MSA (множественных выравниваний последовательностей), которые использует AlphaFold2 — этот индуктивный байес ограничивает обобщение. Вместо этого ESMFold2 полагается исключительно на масштабирование данных и вычислительных ресурсов. Модель также демонстрирует работу inference time scaling на пяти мишенях в онкологии и иммунологии. Вместе с моделью выпущен атлас из 6,8 миллиардов белков и 1,1 миллиарда предсказанных структур.

Практическое значение: ESMFold2 позволяет решать задачи предсказания структуры белков на обычном GPU, которые раньше требовали специализированных ASIC-кластеров. Это открывает путь к быстрому дизайну терапевтических антител и пониманию механизмов заболеваний без привязки к эволюционным данным.

#Tech #AI #BioHub #Science #BioEngineering #ESMFold2

🦠 Создатель ИИ-спроектированных вирусов расскажет о своей работе на стриме MIT

Сэмюэл Кинг, аспирант Стэнфорда и исследователь Arc Institute, в 2025 году применил генеративную модель, чтобы предложить генетические «чертежи» бактериофагов - вирусов, уничтожающих бактерии. Формально это ещё не искусственная жизнь, но следующий шаг может быть именно таким. За эту работу Кинг вошёл в список Innovators Under 35 по версии MIT Technology Review.

16 октября в 18:30 по британскому времени он ответит на вопросы старшего репортёра по ИИ Джеймса О'Доннелла: как генеративные модели меняют дизайн биологических объектов, можно ли доверять предсказаниям геномных и белковых моделей и что стоит за «новым способом смотреть на биологию». Разговор закрытый - только для подписчиков издания.

Практическая ценность темы в том, что ИИ-дизайн фагов заменяет ручной перебор мутаций: фаги нужны там, где антибиотики перестали работать. Пока речь идёт о вычислительных кандидатах, которые затем проверяют в лаборатории, но именно такие пайплайны - «модель предлагает, эксперимент подтверждает» - становятся стандартом в биоинженерии.

🎨 qvabo.studio/tg · картинки и видео

#AI #Bioengineering #Science #Biology #ML #Research